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Una volta che il SCN ha ricevuto informazioni sulla luce esterna attraverso gli ipRGC, può quindi segnalare il processo di secrezione di melatonina nella ghiandola pineale. Questo processo, che stabilisce il ritmo del ciclo giornaliero di 24 ore, è noto come trascinamento circadiano. Il SCN è anche direttamente coinvolto nella regolazione della temperatura del sonno e nel rilascio di cortisolo.
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